******* WAIT https://github.com/NixOS/nixpkgs/issues/321920
On a changé le hash à la main dans python-jaxlib mais ce n'est pas une bonne solution

SCHEDULED: <2024-06-30 Sun +1d>

SCHEDULED: <2024-07-01 Mon +1d>

:LAST_REPEAT: [2024-05-26 Sun 10:01]

:LAST_REPEAT: [2024-06-30 Sun 15:43]

- State "DONE"       from "TODO"       [2024-06-30 Sun 15:43]

** DONE Notes japonais
CLOSED: [2024-06-30 Sun 17:17] SCHEDULED: <2024-06-30 Sun>
/Entered on/ [2024-06-30 Sun 12:57]

SCHEDULED: <2024-06-30 Sun>

SCHEDULED: <2024-07-07 Sun>

** TODO Gatk 4.6.0.0
SCHEDULED: <2024-06-30 Sun>

** DONE Gatk 4.6.0.0
CLOSED: [2024-06-30 Sun 17:17] SCHEDULED: <2024-06-30 Sun>

:PROPERTIES:
:ID:       ae6c4672-b071-491d-bfbc-ef1a4ea96e47
:END:
#+title: Potentiométrie
* Principe
Mesure d''une différence de potentiel entre 2 électrodes plongée dans une solution.
Une électrode esrt de référence.
La concentration impose la différence de potentiel
Une jonction inoique entre les électrodes laisse passer les ions sans fuite de la solution
* Électrode à membrane
la membrane permet le passage des ions (entre les H+ de la solution et N+ du verre)
Elle est au fond de l'électrode, entre la solution et l'électrode
La surface est ionisable -> charge de surface
On calcule la différence de potentiel entre l'intérieur et l'extérieur de la membrane
(qui sera comparée à celle de l'électrode de référence)
* Automatisation
Module ISE (Ion Selective Electrode)
En «limite de phase" (= au contact de la membrane)
La membrane est équilibrée avec les ions de la solution de référence (Na+, K+ et Cl-)
La différence de potentiel est proportionnelle à la concentration en Na+, K+ et Cl- (équation de Nernst)
** Types
- direct = dosage et résultat rendu par litre d'eau
- *indirect* = dosage sur une dilutaion par litre de plasma mais rendu par litre d'eau
*Risque de pseudohyponatrémie* si l'eau plasmatique est remplacée par protéine/lipides
En effet,
on rend Na+/eau plasmatique en l'approchant par Na+/volume plasmatique.
En temps normal, eau plasmatique = 93% du volume plasmatique -> erreur 7%
Si l'eau plasmatique est diminuée, on n'en tient pas compte donc la concnentration sera sous-estimée
*regarder les proétine* : annulé si prot > 120G/L, commentaire si 100-120
Si Na+ < 132 et prot > 90 : à contrôler, risque pseudohyponatrémie
* Indication clinique
- Sodium : hydratation intracellulaire (136-145)
- Potassium : fonction cardiaque (3.5-5.1)
- hlore : insuf rénale, acidose métabolique (98-109)

:PROPERTIES:
:ID:       7ab8499f-d1bd-4881-ab1c-2e657a680d12
:END:
#+title: Néphélémétrie
#+filetags: biochimie
* Principe
** Photométrie
Mesure de la lumière diffusée
- latéralement (20°) = néphélémotrie
- linéairement (trajet du rayon)  : turbidim
** Anticorps
Contre l'antigène à doser -> complexe Ac-Ag -> la lumière dans la cuve va diffésué sur les complexes
Utilisation de microparticules en latex pour augmenter la sensibilité
** Interféences
- optique : lactescence parfois mais *pas* hémolyse ni ictère
- biochimique: Ac hétérophile,s, cryoglobuline, facteur rhumatoïde (dilution)
- physique : lipoproétien/fibrine (dilutaion/centrifugation)
- effet crochet : excès d'antigène donc l'anticorps n'arrive pas à le fixer de fa
  on stable > les complexes se dissocient et le signal chut
  Courbe de Heidelberger-Kendall
* Paramètres dosés
** CRP
:PROPERTIES:
:ID:       0b310b1c-5e15-4e29-8fd7-14e7659912bf
:END:
synthétisé par le foie. Marqueur non spécifique inflammation
Norme < 3mg/L
** Haptoglobine
:PROPERTIES:
:ID:       83ba532d-d203-406f-b0f6-008c9934eac9
:END:
Protéine plasmatique fixant hémoglobine iextraglobulaire
Augmenté : phase inflammatoire aigǜe
Diminuté : hémolyse intravasculaire
Sensible à la lactescence
Norme 0.30-2g/L
** α2-macroglobuline
:PROPERTIES:
:ID:       2a2c7868-b168-46ec-934f-b7f6e096009a
:END:
Transporte hormones et enzymes
Inhibe protéine du complément et hémostase, sérien, cysténie... -protéinase
Augmenté : syndrome néphrotique, cirrhose, diabète
Diminué : hyperfibironlyse, septicémie, IHC, chiriurgie lourde, pancréatite aigüe
Normes 1.3-3g/L sérum
** Transferrine
:PROPERTIES:
:ID:       fd143b0a-06b3-4bc4-943a-10892d687a1f
:END:
Synthésée par le foie
Transporte le fer dans le sang
Diminué en phase inflammatoire aigüe, surchage en fer
Augmenté dans les carences martiales
Norme 2-3.6g/L
** Albumine
:PROPERTIES:
:ID:       90e374b4-1a83-4109-9a4a-892dcd674814
:END:
Synthétisée par le foie
1er protéine du plasma en quantié
NB: 60% secteur interstitiel, 40% vasculaire (=2/3 protéines circulantes)
Demi-vie 20 jours. *Non-excrété* par le glomérule (taille et charge
négative)
Maintient la pression oncotique (conserve l'eau dans les vaisseaux sanguins)
Transporte : calcium, acide gras, bilirubine, hormones, vitamine, oligoéléments, médicaments
Diminué : insuffisance hépatique, syndrome néphoritue, gastro-entérite, brûlures graves
Marqueur du pronostic de la mortalité du patient âgé hospitalisé
Normes 35-50g/L
** Complément C3
:PROPERTIES:
:ID:       405f0dcc-c962-4d3e-851a-2efde39137e3
:END:
Protéine sérique du système immunitaire non spécifique
Active voie classique du complément (liaison au complexe antigène-anticorps)
Active également la voie alternative du complément (attaque de la mebrane faisant exploser la cellule)
Diminué : lupus, glomérulonéphrite, maladie auto-immune, déficit héréditaire
Augmenté : inflammation aigüe
Normes: 0.9-1.8g/L
** Orosomucoïde (α1 glycoprotéine acide)
:PROPERTIES:
:ID:       3848b6b2-7ee6-494d-a09b-b75eb7fef025
:END:
glycoprotéine = 40% glucides
Augmenté : inflammation aigüe, infection/inflamation chronique, blessures, brûlures, tumeurs, IRC
Diminué : insuffisance hépatique, syndrome néphrotique
Normes 0.5-1.2g/L
** Pré-albumine (transthyrétine)
:PROPERTIES:
:ID:       2caa5a14-47ef-4817-9562-4bdf2fbc0c6f
:END:
Synthésée par le foie
Bon marqueur des capacités de synthèse hépatique
Marqueur de nutrition parentérale (demi-vie 2 jours) -> calcul du score PINI (Pronostic Inflammatory and Nutritional Index)
- majeur si 21-30
- décès si >30
- oro x CRP / (alb x préalb)
Transporte thyroxine et rétinol
Diminué : malnutrition
** RBP (Retinol Binding Protein)
:PROPERTIES:
:ID:       acc5ee9f-3c5e-43df-9665-9ef5447f00fc
:END:
Transporte la vitamine A (rétinol)
Marqueur synthèse hépatique
Diminution: malnutrition, pathologies hépatiques
Normes 30-60mg/L

:PROPERTIES:
:ID:       0e33a12f-044c-4b28-8bfc-7f8900f1d95d
:END:
#+title: Méthose de dosage
#+filetags: biochime
[[id:ae6c4672-b071-491d-bfbc-ef1a4ea96e47][Potentiométrie]]

​#biochimie # Description
Il s'agit d'une technique de photométrie en milieu trouble. Elle mesure
la diminution de l'absorbance d'un rayon lumineux de longeur d'onde
connue au travers de la solution. Les particules en solution vont
diffuser le rayon lumineux et ce, en fonction de la concentration de la
solution et de la taille des particules.
La turbidimétrie mesure la lumière transmise, alors que la néphélométrie
mesure la lumière diffusée par l'échantillon.
En immunologie, les antigènes à doser vont être mis au contact
d'anticorps créant des complexes antigènes-anticorps. Ces complexes vont
être analysés de la même manière.
* Points forts
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: points-forts
:END:
- Rapide
- Simple à mettre en oeuvre
- Non invasif pour l'échantillon
* Points faibles
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: points-faibles
:END:
- Meilleure sensibilité avec la néphélométrie
* Interférences
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: interférences
:END:
- Hémolyse, ictère, lactescence
- Anticorps hétérophiles, cryoglobuline, facteur rhumatoïde
- Excès d'antigène : les complexes antigène-anticorps se dissocient
  (effet "crochet")
- lipoprotéine, fibrine
* Paramètres représentatifs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: paramètres-représentatifs
:END:
| Inflammation        | Dénutrition  | Immunitaire |
|---------------------+--------------+-------------|
| CRP                 | albumine     | IgG         |
| haptoglobine        | pré-albumine | IgM         |
| /α/2-macroglobuline | RBP          | IgA         |
| complément C3       |              | C3          |
| orosomucoïde        |              |             |
| transferrine        |              |             |
| albumine            |              |             |

​#biochimie # Description
Deux électrodes sont plongées dans la solution pour laquelle la
concentration est recherchée. Une électrode est saturée et sert de
référence. La seconde est à membrane de verre et va permettre le passage
des ions en solution. Ce déplacement va induire une différence de
potentiel par rapport à l'électrode de référence. Cette différence
permet de calculer la concentration avec la loi de Nernst:
\[ E = E^0 + \frac{0.006}{n} \log{\frac{\textrm{Ox}^a}{\textrm{Red}^b}}\]
selon la réaction d'oxydoréaction
\(a \textrm{Ox} + n \textrm{e}^{-} \longleftrightarrow b \textrm{Red}\)
Il faut une électrode sélective pour chaque ion dosé
(\(\textrm{Na}^{+}\), \(\textrm{K}^{+}\) , \(\textrm{Cl}^{-}\)).
La potentiométrie *directe* va mesurer directement dans le volume de la
solution. La potentiométrie *indirecte* va s'effecture sur volume
plasmatique, qui va être dilué à 1/10e. # Points forts
- peu coûteux
- facile d'utilisation
- précision
- rapide
* Points faibles
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: points-faibles
:END:
- une électrode par type d'ion est nécessaire
- certains ions peuvent passer la membrane malgré la sélectivité
- en cas de solution très concentrée, la concentration mesurée à la
  membrane peut être sous-estimée
* Interférences
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: interférences
:END:
Pour la potentiométrie indirecte, il y a un risque de
pseudo-hyponatrémie en cas d'hyperprotidémie ou hyperlipidémie. En
effet, le volume plasmatique contient alors moins d'eau et plus de
lipides/protéines. La concentration est mesurée sur le volume
plasmatique mais rendue sur l'eau plasmatique. Le volume d'eau
plasmatique étant diminué, la concentration sera donc sous-estimée.
* Paramètres représentatifs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: paramètres-représentatifs
:END:
| Indirect/direct | Direct         |
|-----------------+----------------|
| Kaliémie        | Brome          |
| Natrémie        | Calcium ionisé |
| Chlorémie       |                |

​#biochimie ## Naissance
Synthèse par les hépatocytes
** Vie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vie
:END:
60% secteur interstitiel, 40% vasculaire (=2/3 protéines circulantes)
** Mort
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mort
:END:
Demi-vie 20 jours. *Non-excrété* par le glomérule (taille et charge
négative)
** Effet
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: effet
:END:
- Maintien de la pression oncotique vasculaire
- Protéine de transport pour des substances inactives mais rapidement
  mobilisables : homornes, acides aminés, acide gras, vitamine,
  médicament
** Indication
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: indication
:END:
- Syndrome inflammatoire chronique
- Fuites protéiques (entéropathies exsudatives, syndrome néphrotique)
- Dénutrition chronique
** Dosage
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dosage
:END:

[[id:90cbcd7e-9606-47b8-ad0b-2c4d38996b1b][Transaminase (ASAT, ALAT)]]
[[id:0aebd019-c8f1-4f88-8a6b-94e06eb14f64][Acides aminés]]

[[id:0e33a12f-044c-4b28-8bfc-7f8900f1d95d][Méthose de dosage]]
Paramètres
- [[id:0aebd019-c8f1-4f88-8a6b-94e06eb14f64][Acides aminés]]
- [[id:0b310b1c-5e15-4e29-8fd7-14e7659912bf][CRP]]
- [[id:2a2c7868-b168-46ec-934f-b7f6e096009a][α2-macroglobuline]]
- [[id:83ba532d-d203-406f-b0f6-008c9934eac9][Haptoglobine]]
- [[id:90cbcd7e-9606-47b8-ad0b-2c4d38996b1b][Transaminase (ASAT, ALAT)]]
- [[id:90e374b4-1a83-4109-9a4a-892dcd674814][Albumine]]
- [[id:fd143b0a-06b3-4bc4-943a-10892d687a1f][Transferrine]]
- [[id:405f0dcc-c962-4d3e-851a-2efde39137e3][Complément C3]]
- [[id:3848b6b2-7ee6-494d-a09b-b75eb7fef025][Orosomucoïde (α1 glycoprotéine acide)]]
- [[id:2caa5a14-47ef-4817-9562-4bdf2fbc0c6f][Pré-albumine (transthyrétine)]]
- [[id:acc5ee9f-3c5e-43df-9665-9ef5447f00fc][RBP (Retinol Binding Protein)]]