route $ setExtension "html"
        compile $ pandocCompiler
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            >>= loadAndApplyTemplate "templates/default.html" postCtx
            >>= relativizeUrls
    match "notes/bacteriologie.org" $ do

* Technique
** PCR 16s
Gène /16s/ code sous-unité 16s de l'ADN ribosomal -> très conservé dans toutes les bactéries
Sert à identifier la présence de bactéries +/- espèce par analyse du code génétique si une seule bactérie
* Résistances
** Staph aureus
Sensibile aux pénicillines mais 90% sont résistantes à la pénicilline G  (sécrétion d'une pénicillisanes).
Ils restent sensibles à la pénicilline M = /méti-S/
Attention: < 20% ont résistance à toutes les beta-lactamines ! (modification de la cible = protéine de liaison à la pénicilline PLP2A) ->
/meti-R/ (SARM)
** Entérobactéries
Résistantes aux beta-lactamine par production de beta-lactamase

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title: Bactériologie
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  - libre = exctrée, clive le fibrionège -> embole septiques. Différence avec les staph. à coagulase négative (S. epidermidis)

  - libre = excrétée, clive le fibrinogène -> embole septiques. Différence avec les staph. à coagulase négative (S. epidermidis)

  - exfloiatine: impétigo bulleux, syndrome d'exfoliation généralisée

  - exfoliatine: impétigo bulleux, syndrome d'exfoliation généralisée

** TODO Pseudomonas aeruginosa
Bacille Gram négatif, très mobile
Origine : environnement++
Opportuniste :
- infection nosocomiale (matériel) ou . 1ere bactérie en réa
- mucoviscidose
Facteurs de virulence : exotoine, exoproténies, hémolysine
Facteur d'adhésion
Forte capacité à former des biofilms
*** Diagnostic
- Pousse 24h à 37% sur milieu non selectic.
- Milieu sélecttif : cétrimide
- Oxydase positif (!= entérobactéries), Catalasoe positif - lactose négatif
*** Résistance
Faible perméabilité membranaire : résistance naturelle pénicillines, C1G et C2G +/- certaines C3G
* Maladies
** TODO Infection urinaire
_Groupe 1_ : *Seuil = 10^3*. Critères majeurs de pathogénicité (e.g adhésion à l’épithelium urinaire) -> responsable si urine non contaminé, même en petite quantité
- *E. coli* (75%-80% des cystites simples)
- *S. saprophyticus* (cystites aigües communautaires chez femme de 15-30ans)
- Salmonella spp.
- mycobactéries
- leptospire
_Groupe 2_ = *Seuil = 10^3 homme, 10^4 femme*. Plutôt IU associées aux soins si facteurs anatomiques/iatrogènes
- entérobactéries (Proteus, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Morganella, Providencia)
- Pseudomonas aeruginosa
- Enterococcus
- Aerococcus urinae
- Staphylococus aureus
- Corynebacterium urealyticum
_Groupe 3_: *Seuil 10^5*. Implication discutée. Nécessite bactériurie élevée + 2 échantillons + critères clinique + inflammation
- Gram + : Streptococcus agalactiae, staph à coagulase négative autre de S. saprophyticus
- entérocoque avec E. coli
- Gram - : Actinetobacter, Oligella urethralis, Stenotrophomonas maltophilia, Burkholderia cepacia
- Candida
_Groupe 4_ : *Seuil: non*. Contaminant
- lactobacillus (sauf L. delbrueckii)
- streptococques alpha-hémolytique
- Gardnerella vaginalis
- bacilles corynéforme (sauf C. urealyticum et C. seminale)
Uropathogènes exigeants : Aerococcus, A. shaalii, A. omnicolens et L. delbrueckii
/ chez > 65 ans, < 3 ans et patho urologie (sauf cancer vessie et prostate) -> à chercher dans ce contexte
* Antibiotiques
** Aminosides
Action = bactéridice, concentration dépendantes. Perturbe la synthèse des protéine (fixation sous unité 30s des ribosomes)
Résistances
- naturelle: anaérobie strictes et préférentielle (streptocoques, entérocoques) par défaut de pénnétration car le système de transport nécessite la force produite par les chaînes respiratoire aérobies
  /NB: penicilline + amoniside passe car agit sur la paroi bactérienne/
* Divers
** Résistances
** Staph aureus
Sensibile aux pénicillines mais 90% sont résistantes à la pénicilline G  (sécrétion d'une pénicillisanes).
Ils restent sensibles à la pénicilline M = /méti-S/
Attention: < 20% ont résistance à toutes les beta-lactamines ! (modification de la cible = protéine de liaison à la pénicilline PLP2A) ->
/meti-R/ (SARM)
** Entérobactéries
Résistantes aux beta-lactamine par production de beta-lactamase
** Technique
*** PCR 16s
Gène /16s/ code sous-unité 16s de l'ADN ribosomal -> très conservé dans toutes les bactéries
Sert à identifier la présence de bactéries +/- espèce par analyse du code génétique si une seule bactérie

all:
	nix-build
# all: local dist

all: build dist

# # Rebuild must be done twice due to a limitation of Hakyll with org metadata (see code)
# local:
# 	nix run . rebuild
# 	nix run . rebuild

build:
	./result/bin/hakyll-site build

# watch:
# 	nix run . watch

watch:
	./result/bin/hakyll-site watch

# # z option is important to avoid re-uploading everything
# # it must be at the beginning
# # We need a wilcard to avoid an html folder
# dist:
# 	ncftpput -z -f login.cfg -R . _site/*

rebuild:
	nix-build
# z option is important to avoid re-uploading everything
# it must be at the beginning
# We need a wilcard to avoid an html folder
dist:
	ncftpput -z -f login.cfg -R . _site/*
	ncftpput -z -f login.cfg -R . files/*