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iblioComparaison WDL, Cromwell, nextflowhttps://www.nature.com/articles/s41598-021-99288-8Nextflow = bon compromis ?*** NotesQuelle version du génome ? Il y a 2 notations pour les chrosome: Refseq (NC_0001) ou chr1, chr2...dbSNP utilise Refseqpour le fasta, 2 solutions- refseq : "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/H_sapiens/annotation/${genome}_latest/refseq_identifiers/${fna}.gz"-> nécessite d'indexer le fichier (long !)- chromosome https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/001/405/GCA_000001405.15_GRCh38/seqs_for_alignment_pipelines.ucsc_ids/-> nécessite d'annoter les chromosomes pour corriger (avec le fichier gff)On utilise la version chromosome donc on annote dbSNP (à faire)*** Améliorer le workflow**** STRT Nix pour les dépendences**** STRT Nix pour télécharger les données brutes
**** TODO test Bionix**** TODO Implémenter execution avec Nix ?
=======Utilise une versionn allégée de GnomAD (une seule colonne)**** HOLD test Bionix**** KILL Implémenter execution avec Nix ?CLOSED: [2022-08-31 Wed 11:09]Voir https://academic.oup.com/gigascience/article/9/11/giaa121/5987272?login=falsepour un exemple.Probablement plus simple d’utiliser Nix pour gestion de l’environnement et snakemake pour l’exécution**** STRT Exécution avec nextflow**** TODO Télécharger données avec MakefilePour mésocentre*** Simulation sur mésocentre**** Réunion <2022-08-31 Wed>Intervenants:- Kamel Mazouzi (directeur adjoint informatique)- Sekou Diakité2 clusters :- Lumière : Centos non mis à jour, SGE, Spack comme équivalent Nix- Helios : moins de coeurs mais à jours, SlurmConclusion :- essai d’installation Nix- si échec, essayer Spack ou Conda- répertoire partagé de 2To pour datasets- soumission de jobs sous Nextflow à discuter dans un second temps**** WAIT Installation nix*** TODO Installer le pipeline d’AlexisSCHEDULED: <2022-07-30 Sat>**** KILL Utiliser docker**** STRT Utiliser nix avec exactement la même configuration
**** STRT Exécution avec nextflow**** TODO Télécharger données avec MakefilePour mésocentre*** Simulation sur mésocentre**** Réunion <2022-08-31 Wed>Intervenants:- Kamel Mazouzi (directeur adjoint informatique)- Sekou Diakité2 clusters :- Lumière : Centos non mis à jour, SGE, Spack comme équivalent Nix- Helios : moins de coeurs mais à jours, SlurmConclusion :- essai d’installation Nix- si échec, essayer Spack ou Conda- répertoire partagé de 2To pour datasets- soumission de jobs sous Nextflow à discuter dans un second temps**** WAIT Installation nix*** BiblioComparaison WDL, Cromwell, nextflowhttps://www.nature.com/articles/s41598-021-99288-8Nextflow = bon compromis ?*** NotesQuelle version du génome ? Il y a 2 notations pour les chrosome: Refseq (NC_0001) ou chr1, chr2...dbSNP utilise Refseqpour le fasta, 2 solutions- refseq : "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/H_sapiens/annotation/${genome}_latest/refseq_identifiers/${fna}.gz"-> nécessite d'indexer le fichier (long !)- chromosome https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/001/405/GCA_000001405.15_GRCh38/seqs_for_alignment_pipelines.ucsc_ids/-> nécessite d'annoter les chromosomes pour corriger (avec le fichier gff)On utilise la version chromosome donc on annote dbSNP (à faire)