## Outils
- Texte -> HPO : clinphen http://bejerano.stanford.edu/clinphen/
- Phenotype (HPO) -> liste de gènes:  AMELIE https://amelie.stanford.edu/ 
- Texte OU PHO -> gènes : phen2gene https://phen2gene.wglab.org/
## Data mining
Modèles tensorflow pour Named Entity Recognition : https://github.com/guillaumegenthial/tf_ner
(date de 3 ans, f1 = 91 donc efficace)
# Algorithmes
## Similarité entre 2 phénoptypes :
Un patent est défini par un ensemble de concepts. On le représente par un vecteur dans l'espace de ces concepts
Les coordonées sont données par le TF-IDF pour un concept
avec TF = fréquence du concept pour ce patient = nb d'occurence dans le corpus pour ce patients / nb de concepts
IDF = fréquence inverse du document = nb de patient / nb de patients avec ce concept
La distance entre 2 patients est le cosinus entre les vecteur (produit scalaire / produit des normes)

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date: 2015-12-30
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# Découvertes
[Carte de Ptolémé (manuscrit du milieu du XVe)](http://expositions.bnf.fr/marine/grand/por_115.htm)
[Carte d'Apian (1544)](https://www.computer.org/cms/Tomash%20catalog%20web/Images%20web%20site/Image%20files/A%20Images/pictures/Apian%20Cosmographia%201564%20world%20map.jpg)
[Atlas de William Blaeu (1640)](http://www.extravaganzi.com/wp-content/uploads/2011/09/1635-World-Map-by-Willem-Blaeu-Nova-Totius-Terrarum-Orbis-Geographica-Ac-Hydrographica-Tabula-1.jpg)
[Carte de Frau Mauro](http://www.bl.uk/magnificentmaps/map2.html)
[Mappemonde de Benhaim](http://gallica.bnf.fr/ark:/12148/btv1b55008737g/f2.medres3d.r=behaim)
[Mappemonde de Juan de la Cosa (1500)](http://gallica.bnf.fr/ark:/12148/btv1b530604602/f1.item.r=juan%20de%20la%20cosa.zoom)
[Planisphère de Cantino (1502)](https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/9/9c/Cantino_planisphere_%281502%29.jpg)
[Planisphère de Waldseemüller (1507)](https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/c0/Waldseemuller_map_2.jpg)
[Mappemonde de de Wit (1662)](https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/7/71/Nova_Orbis_Tabula_in_Lucem_Edita.jpg)
![Don Bernardo de vargas Machuca (1599)](../pictures/vargas_machuca.png)
# Empire inca
![](../pictures/inca.png)
["Inca-expansion". Licensed under Public Domain via Commons](https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Inca-expansion.png#/media/File:Inca-expansion.png)

# ATCD
-   2018: ATB (inconnu) pour infection pulmonaire
-   début 2019 : anti-inflammatoire + vermifuge (Panacure)
-   2019-08-27 : Eradia (métronidazole) + zithromax (azithromycine) 12j
    pour épisode de crachats de quelques gouttes de sang (lavage de
    jabot + cytologie)

# FreeBSD
- sphinext-opengraph
- [X] Vrsion avec LICENSE et tests sur Github {#version-avec-license-et-tests-sur-github}

# FreeBSD ports
- [ ] aeso
## sphinext-opengraph
- [X] Version avec LICENSE et tests sur Github {#version-avec-license-et-tests-sur-github}

## WAIT Port pyrocore
Patch:
    --- update-to-head.sh.orig  2021-05-11 12:49:25.311117000 +0200
    +++ update-to-head.sh   2021-05-11 12:51:07.916518000 +0200
    @@ -14,7 +14,7 @@
     # Also adapt "assert sys.version_info" below, and venv creation
     set -e
    -MY_SUM=$(md5sum "$0" | cut -f1 -d' ')
    +MY_SUM=$(gmd5sum "$0" | cut -f1 -d' ')
     PROJECT_ROOT="$(command cd $(dirname "$0") >/dev/null && pwd)"
     command cd "$PROJECT_ROOT" >/dev/null
     echo "Installing into $PWD..."
    @@ -47,7 +47,7 @@
         MY_SUM="let's start over"
     fi
    -if test "$MY_SUM" != $(md5sum "$0" | cut -f1 -d' '); then
    +if test "$MY_SUM" != $(gmd5sum "$0" | cut -f1 -d' '); then
         echo -e "\n\n*** Update script changed, starting over ***\n"
         exec "$0" "$@"
     fi
bash update-to-head.sh python2.7
## WAIT cabal-install 3.6.0.0
On attend GHC 2
Ok manuellement mais dans poudriere, fails to fetch dependencies:
Traceback (most recent call last): File \"bootstrap/bootstrap.py\", line
389, in \<module> main() File \"bootstrap/bootstrap.py\", line 357, in
main bootstrap(info, ghc) File \"bootstrap/bootstrap.py\", line 252, in
bootstrap install~dep~(dep, ghc) File \"bootstrap/bootstrap.py\", line
177, in install~dep~ (tarball, cabal~file~) =
fetch~package~(dep.package, dep.version, dep.src~sha256~, File
\"bootstrap/bootstrap.py\", line 135, in fetch~package~ with
urllib.request.urlopen(url) as resp: File
\"/usr/local/lib/python3.8/urllib/request.py\", line 222, in urlopen
return opener.open(url, data, timeout) File
\"/usr/local/lib/python3.8/urllib/request.py\", line 525, in open
response = self.~open~(req, data) File
\"/usr/local/lib/python3.8/urllib/request.py\", line 542, in ~open~
result = self.~callchain~(self.handle~open~, protocol, protocol + File
\"/usr/local/lib/python3.8/urllib/request.py\", line 502, in ~callchain~
result = func(\*args) File
\"/usr/local/lib/python3.8/urllib/request.py\", line 1383, in http~open~
return self.do~open~(http.client.HTTPConnection, req) File
\"/usr/local/lib/python3.8/urllib/request.py\", line 1357, in do~open~
raise URLError(err) urllib.error.URLError: \<urlopen error \[Errno 8\]
hostname nor servname provided, or not known>
### Error code 1
## WAIT agda 2.6.2
## [TODO]{.todo .TODO} elm-format 0.8.5 {#elm-format-0.8.5}
## WAIT ormolu 0.3.0.1
## [TODO]{.todo .TODO} yaml 0.11.6.0 {#yaml-0.11.6.0}
## [TODO]{.todo .TODO} purescript-language-server 0.15.7 {#purescript-language-server-0.15.7}

## WAIT haddock 2.24.0 -\> 2.25.02 {#wait-haddock-2.24.0---2.25.02 archive_time="2021-09-06 Mon 10:14" archive_file="~/code/blog/todo.org" archive_olpath="FreeBSD/MAJ port haskell (no need for aarch64)" archive_category="todo" archive_todo="KILL"}
En attente de GHC 9

# Animaux
## Vétérinaire avaire à Metz
-   Clinique Grémillon à Essey (suit Loki + perroquets)
-   Vétonimo à Vandoeuvre
-   Lorraine vet à Ludres (service d\'urgence 24/24). Vu Dr Breuil déjà
    : 0383263292
-   Rien à Metz même : Luxembourg ou Nancy
## Loki

-   Infection pulmonaire en 2018 traitée par antibiotique
-   Verfimugé début 2019 par Panacure
-   Bi-thérapie métronidazole et azithromycine fin septembre (bactérie
    resistante ?)