* KILL Problèmes rencontrés à l’install
CLOSED: [2022-09-19 Mon 22:37]
:PROPERTIES:
:ARCHIVE_TIME: 2022-09-19 Mon 22:37
:ARCHIVE_FILE: ~/org/projects.org
:ARCHIVE_OLPATH: Recherche/Pipeline exome
:ARCHIVE_CATEGORY: recherche
:ARCHIVE_TODO: KILL
:END:
- [X] Dossier de log non créé
- [ ] Pourquoi avoir ne pas simplement utiliser list_of_fastq.txt directement ?
  - [ ] Supprimé du code
  - [ ] Rajouter boucle sur plusieurs fichiers

*** TODO Problèmes rencontrés à l’install
- [X] Dossier de log non créé
- [ ] Pourquoi avoir ne pas simplement utiliser list_of_fastq.txt directement ?
  - [ ] Supprimé du code
  - [ ] Rajouter boucle sur plusieurs fichiers

**** KILL Utiliser 1000 genome pour known_snp ?
CLOSED: [2022-09-19 Mon 22:37]
Apparement, déjà dans dbSNP
https://www.internationalgenome.org/category/dbsnp/

*** WAIT Jar directement, version locale
*** TODO Jar mais avec le choix d’installer la version local ou spark.

*** WAIT Corriger PATH pour include java et python
https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/191548