* <2022-12-08 Thu> Handstand
 - Chest-to-wall 30s-40s
 - Toe pull 12
 - Negative 5
 - Heel pull 14
 - L freestand 3

*** Changement nouvelle version
- Dernière version du génome (la version "prête à l'emploi" est seulement GRCh38 sans les version patchées)

**** DONE Variant calling avec Netxflow

**** DONE Variant calling avec Nextflow

**** TODO Annotation avec Netxflow

**** TODO Annotation avec nextflow
***** TODO VEP
***** TODO Spip
***** TODO Filtrer après VEP
On doit pouvoir se passer d'un script R avec bcftools

****** Comprendre pourquoi la nouvelle version donne un résultat différent
******* DONE Même version dbsnp et clinvar ?
CLOSED: [2022-12-10 Sat 23:02]
Clinvar différent !
  $ bcftools stats clinvar.gz
  clinvar (Alexis)
SN	0	number of samples:	0
SN	0	number of records:	1492828
SN	0	number of no-ALTs:	965
SN	0	number of SNPs:	1338007
SN	0	number of MNPs:	5562
SN	0	number of indels:	144580
SN	0	number of others:	3714
SN	0	number of multiallelic sites:	0
SN	0	number of multiallelic SNP sites:	0
clinvar (new)
SN	0	number of samples:	0
SN	0	number of records:	1493470
SN	0	number of no-ALTs:	965
SN	0	number of SNPs:	1338561
SN	0	number of MNPs:	5565
SN	0	number of indels:	144663
SN	0	number of others:	3716
SN	0	number of multiallelic sites:	0
SN	0	number of multiallelic SNP sites:	0
******* Mettre à jour clinvar et dbnSNP pour travailler sur les mêm bases
******* DONE Supprimer la conversion en int du chromosome
CLOSED: [2022-12-10 Sat 19:29]
******* KILL Même NC ?
CLOSED: [2022-12-10 Sat 19:29]
$  zgrep "contig=<ID=NC_\(.*\)" clinvar/GRCh38/clinvar.vcf.gz > contig.clinvar
$ diff contig.txt contig.clinvar
< ##contig=<ID=NC_012920.1>